Foi suscitada, junto do STA, a ilegalidade de um conjunto de deliberações do Conselho Superior do Ministério Público que, na aplicação do regime de contabilização do tempo de serviço relevante para efeitos de antiguidade, procederam ao desconto dos dias de faltas dadas e justificadas por motivo de doença, quando estes ultrapassassem 180 dias em cada ano civil, nos termos previstos no artigo 196.º, al. e) do Estatuto do Ministério Público.
Na apreciação da questão, o STA decidiu que as deliberações do Conselho Superior do Ministério Público aplicaram corretamente o preceito legal, considerando que este só não será aplicável quando exista legislação especial que o derrogue, como é o caso, a título exemplificativo, do regime dos acidentes em serviço e das doenças profissionais no âmbito da Administração Pública.
Assim, o STA concluiu pela inadmissibilidade da aplicação do regime geral da LGTFP com o propósito de afastar o preceito previsto no regime estatutário especificamente aplicável aos magistrados do Ministério Público (bem como o preceito semelhante previsto no regime estatutário aplicável aos Magistrados Judiciais). Concluiu, ainda, pela não violação de qualquer direito fundamental constitucionalmente protegido, uma vez que a única consequência decorrente da aplicação do regime especial consiste no desconto do tempo excedente aos 180 dias previstos pelo legislador para efeitos de antiguidade, matéria que não integra o núcleo essencial de qualquer direito fundamental constitucionalmente protegido.